WebARENA Suiteのpermission狂い

このMTは「WebARENA Suite」を利用している。偶にあるのだが、何故か突如としてCGI系のpermissionが狂いまくる。恐らくdiskの入れ替えやら、機材間でのスペースの強制的な移動（ファイルの）を、行っているのではないかと想像するのだが、固定的な拡張子以外のファイルなんざそれはもう悲惨を通り越してしまう。またCGI系のperlなんかも、ファイルによってpermissionが区々だったりして、動かなくなってしまっていることも多い。前述のようなことをするな、とは言わないが、せめて動かす前と同じにだけはしておいて欲しいものだ。数100にも上るファイルを一々確認していく作業はほんとに疲れる。これだけで数時間を浪費してしまうのだよ。せめてSSHだけでも通してくれると一気に片付けられるので助かるのだが、未だにFTPなどというセキュリティのかけらもない方法でしか管理することが出来ない。なんとかして欲しいものだ。